Mikrobiyolojide, birçok hastalığın tanısında direkt mikroskopi kullanılır. Bu, mikroorganizmaların vücut sıvıları veya dokular üzerinde doğrudan bir mikroskop altında incelenmesi anlamına gelir. 

1. Mikroskobik İdrar İncelemesi: Üriner sistem enfeksiyonlarının tanısında kullanılır. İdrar örneği mikroskop altında incelenir ve bakteriler, lökositler ve diğer hücrelerin varlığı araştırılır.

İdrar mikroskobisinde  lökosit.

2. Dışkı İncelemesi: Gastrointestinal enfeksiyonların tanısında önemlidir. Dışkı örneği mikroskop altında incelenerek parazitler, bakterilerin sporları veya diğer patojenler tespit edilebilir.

Dışkıda Nematod (strongloides sterkoralis )

3. Kan İncelemesi: Malaria gibi paraziter enfeksiyonların tanısında direkt mikroskopi kullanılabilir. Kan örneği bir lam üzerine yayılır ve parazitlerin özellikleri incelenir.

Periferik yaymada malarya trofozoidleri.

4. Vajinal ve İncelemeler: Vajinal akıntı veya diğer genital sekresyonlar, bakteriyel vajinozis veya mantar enfeksiyonları gibi genital enfeksiyonların tanısında direkt mikroskopi ile incelenebilir.
5. Balgam İncelemesi: Solunum yolu enfeksiyonlarının tanısında balgam örneği mikroskop altında incelenir. Bakteriler veya mantarlar burada görülebilir.

Balgamda ARB ile tbc basili incelenmesi:

6. Cilt Kazıntısı: Deri enfeksiyonlarının veya mantar enfeksiyonlarının tanısında kullanılır. Ciltten kazıntı alınır ve mikroskop altında incelenir.
7. Serebrospinal Sıvı İncelemesi: Meningit veya ensefalit gibi santral sinir sistemi enfeksiyonlarının tanısında kullanılabilir. Serebrospinal sıvı örneği incelenir ve patojenlerin varlığı araştırılır.
8. Gıda Mikrobiyolojisi: Gıda ürünlerinden mikroorganizmaların tanısında kullanılır. Gıda numuneleri mikroskop altında incelenerek patojen bakterilerin veya maya/mantarların varlığı belirlenir.

.